Все движки можно разделить на 2 основных группы. Платные и бесплатные.

Я прекрасно понимаю, что наш мир далек от идеала. Но что происходит в электронной коммерции это просто жесть. Иначе я это назвать не могу.

Бесплатные движки. Основной плюс это большое количество расширений, шаблонов. Минус в том, что большинство расширений написаны студентами на коленке для заказчика и больше не поддерживаются, либо платные (кстати платность не показатель качества, криворукий студент также может сделать свою разработку платной и поди тут разберись).

Существенным минусом для обитателей рунета является отсутствие отечественных платежных систем в сборках бесплатных международных движков, эти модули делают сторонние разработчики, работают они криво, косо и при обновлении версии магазина могут просто перестать работать.

Основные игроки на рынке бесплатных движков:

Расширения для CMS:
Virtuemart (для Joomla). Полная жесть с кешированием и seo, кривые модули оплаты и доставки, абсолютно нереально убогий код.
Tienda (для Joomla). Перспективный движок, но функционал нереально урезан. Уже года 3 обещают расширенную платную версию, но воз и ныне там.
Ubercart (для Drupal) не смотрел.
Wp ecommerce plugin (для Wordpress) не смотрел, но насколько знаю отсутствуют платежные системы.

Самостоятельные движки:
Prestashop. Глючит чпу, проблема с кешированием, модули оплаты, доставки, выгрузки в яндекс маркет могут при обновлении движка перестать работать.
Opencart. Глючит чпу, последняя сборка сайта myopencart.ru реально сыровата.
Magento. Главный минус- абсолютно неприемлимая нагрузка скрипта на сервер.
OScommerce. Древняя шняга которая сто лет не обновлялась, зато у нее есть куча форков типа VamShop, которые платные.

Платные движки. Основной плюс- встроенные платежные системы, модули доставки. Минусы- отсутствие модулей для решения разнообразных задач кроме двух десятков встроенных в движок, трудности с написанием своих модулей из-за слабых возможностей движков к расширяемости. Также плюсы- интеграция с 1c и витрины для социальных сетей, встроенные партнерские программы.

Shop script. Ужасающий код и система шаблонизации.
Битрикс. Нагрузка на сервер, неудобная тормознутая админка, не очень отзывчивая поддержка.
Umi CMS. Не очень нравится система добавления в корзину и админка.

Понимаю, что взгляд слишком критический и при некотором количестве времени и хорошем напильнике-программисте любая система может быть улучшена, но надеюсь что описание основных проблем поможет Вам лучше ориентироваться.